Pantoprazol jest inhibitorem pompy protonowej, który ogranicza produkcję kwasu solnego w żołądku. Jest stosowany w leczeniu dolegliwości związanych z nadmiernym wydzielaniem kwasu, takich jak wrzody żołądka i dwunastnicy, choroba wrzodowa, zespół Zollingera-Ellisona oraz refluks żołądkowo-przełykowy. Lek jest także wykorzystywany podczas eradykacji _Helicobacter pylori_.