Pantoprazol i omeprazol to inhibitory pompy protonowej, ale różnią się strukturalnie. Pantoprazol jest metabolizowany wolniej, co prowadzi do dłuższej aktywności i czasu działania w porównaniu do omeprazolu. Znaczy to, że pantoprazol może być bardziej skuteczny w kontrolowaniu kwasowości żołądka przez dłuższy okres.